KSG estimator

Prvý nástrel KSG estimatora Transfer Entropy.

Parametre:

Target history embedding length=1
Target history embedding delay=1
Source history embedding length=1
Source history embedding delay=1
Delay from source to target=1
k-nearest neighbours=4

Pozorovania:
Porovnával som hodnoty TE môjho KSG algoritmu a JIDT Liziera na rovnakom datasete. Výsledky: môj=0.073745641982090104; JIDT=0.0737. Vyzerá, že celkom sedí.

Je to pomalé. Časová zložitosť je >\mathrm{O}(N^{2})

To Do:

Zovšeobecnit estimator na ľubovoľné hodnoty parametrov.
Pozrieť sa na optimalnejšie riešenia. (KDTree?)

Použité dáta:
SFI-heartRate_breathVol_bloodOx3.txt

Zdrojáky:
TE.py